99 Spirits thuộc thể loại nhập vai giải đố theo lượt, trong đó người chơi chiến đấu với các linh hồn xấu xa được gọi là Tsukumogami. Để làm tổn thương linh hồn thù địch, trước tiên người chơi phải tìm ra danh tính của kẻ thù.[1][2] Để làm điều này, người chơi cần phải nạp những viên ngọc được gắn trong thanh kiếm của nhân vật, bằng cách tấn công và phòng thủ; một khi viên ngọc đầu tiên trong thanh kiếm được lấp đầy, người chơi có quyền tiếp cận manh mối về danh tính của kẻ thù, dưới dạng các từ hoặc chữ cái có liên quan đến tên gọi của nó. Chẳng hạn, manh mối về danh tính của một linh hồn katana có thể là "KA", "kiếm", và "NA".[1] Khi viên ngọc thứ hai được lấp đầy, người chơi có thể nhập tên mà mình nghĩ là tên của kẻ thù;[3] nếu xác định chính xác linh hồn, người chơi có thể giao chiến với nó, trong khi nếu đoán không chính xác, nhân vật người chơi sẽ bị tổn hại và các viên đá quý cần phải được nạp lại.[1]

Trong suốt quá trình chơi, người chơi có quyền tiếp cận các loại ngọc mới, giúp người chơi có nhiều khả năng hơn. Trong số các viên ngọc có một viên cho người chơi khả năng bắt linh hồn thay vì chiến đấu với chúng;[1] một khi người chơi đã đoạt lấy linh hồn, họ có thể sử dụng khả năng của nó trong chiến đấu.[2] Ngoài việc có được viên ngọc mới, người chơi có thể làm cho viên ngọc có được trước đó mạnh hơn; chẳng hạn, phiên bản được hỗ trợ của viên ngọc đầu tiên có thể giúp người chơi tiếp cận nhiều manh mối hơn về danh tính của kẻ thù.[1]

Bên ngoài các trận đánh, người chơi dễ dàng chu du qua một bản đồ thế giới dạng ô vuông, mà họ có thể giải các câu đố bằng cách sử dụng khả năng của các linh hồn bị bắt. Ngoài ra, người chơi có thể giao chiến với các linh hồn và tìm thấy các vật phẩm trong bản đồ thế giới. Trong số các vật phẩm khác nhau, có một số vật phẩm bổ sung cho cột máu của nhân vật người chính, một số thứ giúp thỏa mãn cơn đói của họ và một số được sử dụng để sửa kiếm của nhân vật chính.[1]